U 155 godina neprekinutog djelovanja Akademijina knjižnica prikupila je vrijednu knjižničnu građu. Opći fond broji 378.207 sv. knjiga i časopisa najvećim dijelom iz područja društvenih i humanističkih znanosti. U čitaonicama se nalazi vrijedna Zbirka priručne i referentne literature iz svih područja znanosti koja broji 2.970 svezaka i Zbirka Akademijinih izdanja u slobodnom pristupu. 

Kao zbirke posebne građe kroz povijest formirane su: Zbirka Akademijinih izdanja, Zbirka starih i rijetkih knjiga, Zbirka gradišćanskohrvatske pisane baštine; Spomenička zbirka Mirka Dražena Grmeka Povijest znanosti slavenskih naroda, Spomenička zbirka Nade Klaić. 

Najstariji i najvrjedniji fond čuva se u trezoru Knjižnice u kontroliranim mikroklimatskim uvjetima. U trezoru se nalazi Zbirka starih i rijetkih knjiga i arhivski primjerak Akademijinih izdanja. Pet zbirki je registrirano kao kulturno dobro.  

Unutar Zbirke starih i rijetkih knjiga osobito je vrijedna i od nacionalnog značaja zbirka Croatica.   

Fond se izgrađuje kupnjom, razmjenom i darom. Knjižnica zamjenom nabavlja izdanja hrvatskih i stranih znanstvenih ustanova, napose akademija znanosti, i kupuje u skladu s programima i projektima Akademije aktualnu znanstvenu i stručnu literaturu. Prima publikacije na dar od Uprave Akademije, pojedinih akademika te znanstvenih djelatnika iz Hrvatske i inozemstva. 

Fond je pretraživ kroz knjižnični katalog.